微米情報攤 關於微米等級微生物的愛恨情仇

新聞研究指出人類皮膚是 200 多種細菌的家. 不少媒體把這件事當做趣聞來報導. 請參考原論文的連結. 我們當然不能只看到新聞記者看到的. 所以, here it comes.

這個由 Dr. MJ Blaser 領軍的 NYU 團隊找來了 6 個人 (男女各半), 分別由他們上臂皮膚採樣, 左右各一次. 他們不用做細菌培養的方式來看有什麼菌, 因為有不少菌是目前還不能用培養基培養出來的. 研究人員利用 PCR 放大所有細菌都有的一段 16S rRNA 基因. 因為這段基因在不同細菌大致相似但都有一些不同, 就像商品條碼都大致長一個樣卻又不完全像. 在把這些 DNA 序列解讀完了以後, 從受試者手臂上採來的樣本裡有那些菌就清清楚楚了.

他們讀了 1345 段序列, 除去污染和做錯的, 還有 1221 段, 大約代表了 182 種細菌. 其中的 85.3% 菌可能是可培養的已知菌種, 另外有 30 種可能為新種細菌. 平均每位受試者的樣本裡有 48 種細菌. 請注意, 每個人只有採兩次樣本, 而平均兩臂間只有 13.5% 的菌是相同的, 多採幾次可能找到的菌種會更多!

八到十個月後, 他們找回 6 人中的 4 人, 再做一次採樣. 在分析 2038 段序列後他們找到了 203 種已知菌種, 發現了 44 個疑似新種. 利用多變值統計的方法, 他們得到了這樣的結論: 如果我是受試者, 從我身上採到的菌群樣本間比不同人之間的樣本像; 我同時採的左右臂菌群樣本比不同時間的樣本像; 同時從我左臂及右臂得到的樣本差異不顯著, 但是不同時間採的就有顯著不同.

這一篇告訴我們每個人都是一個動物園(這是 ABC 講的!). 研究中發現只有 2% 的細菌是在 6 個人身上都看得到的. 有 71.4% 的菌種只出現在其中一個人的身上. 或許我們可以說這些是你身上的特有種. 每個人身上的菌大致維持穩定, 所以左右臂菌種相近, 而且可能是被你當時的生理狀況決定的. 但是隨著時間改變, 菌相也就跟著改變了.

作者有一項比較勇敢的推論. 因為大部份的菌來自五個主要的 phyla, 所以這個生態系看來是由少數穩定原住民, 加上每個人帶著的不同過客組成的. 這些原住民可能不只住在皮膚, 因為同樣的一細菌在消化道裡也是原住民, 只是各群間的相對數量有些不同. 作者也說了, 這一篇的 sample size 太小, 性別或是年紀等等其它的因子根本不能討論. 所以, 我們由這一篇論文知道了在動物身上的菌有很大的不同, 但是怎麼不同及為什麼不同就真的不清楚了. 微生物生態的這個領域, 還有很多未知的東西等著我們哪!